培養箱安裝完畢以及灌好水后，可按下列步驟操作。
1.   打開箱門，工作室內處理干凈，放好擱板。
2.   需濕度時將濕度盤中加入2/3水，放置在工作室底部，關上箱門。
3.   打開控制箱背后的電源開關，此時培養箱應有溫度顯示，及高水位指示燈亮。
4.   按一下“殺菌”鍵，對工作室進行滅菌消毒。（注意：箱內有培養物時，請勿按此鍵！！）滅菌結束后再按一下“殺菌”鍵,關閉殺菌燈。
5.   shou先設定好所需的溫度，對培養箱進行加溫。（詳見五、控制器操作說明）
6.    待溫度恒定后，可打開箱門放入培養物。
7.   按面板上“氣泵1”或“氣泵2”鍵，啟動氣泵1（或2），慢慢調節空氣流量計針型閥（逆時針開)一般按5%CO2濃度配比，空氣流量可調**760ml∕min。
8.   打開CO2氣體鋼瓶總閥門、調節CO2減壓閥，使輸出壓力為0.06Mpa（約0.6kgf∕cm2）左右，開啟穩壓閥(順時針開)一般出廠時已打開，再慢慢調CO2流量計**40ml∕min（逆時針開）。(CO2濃度﹦40/(760﹢40)﹦5%V∕V）。                                                  
9.   完成上述調節后，待內室溫度穩定后，該設備即可進入自動控制培養狀態。
10. 如要觀察洗滌瓶及PH溶液時，可按面板上“照明”鍵，打開照明燈。
11. 當培養箱停止工作時請按以下步驟進行：
1)   關閉CO2鋼瓶開關，及減壓閥。
2)   關閉氣泵電源，氣泵停止工作。
3)   打開箱門，取出濕度盤。并用手頂住門開關使培養箱在開門情況下工作幾分鐘，以散去箱內水汽。
4)   關門繼續加溫工作十分鐘左右，關閉電源，清潔內部。